代表性著作
2003《福建杉洋村落碑铭》香港：华南研究出版社1991《社会场论》北京：团结出版社。
代表性论文
2002<从象征生产到制度实现——阳村土改中划阶级的象征资本再生产>,载《清华社会学评论》，2002年第一卷，第一期。
2001〈象征资本的再生产〉，《社会学研究》2001年第三期。
2001〈民族志的回顾与反思〉，文思理著，张小军译，《清华社会学评论》，2002年第一卷，第一期。
2000〈佛寺与宗祠：泉州开元寺的历史个案研究〉，载《传统与变迁——华南的认同和文化》，北京：文津出版社。
1999〈文化的经营：福建阳村李氏宗祠「复兴」的研究〉，载《经营文化香港商务印书馆1999年（即将出版）。
1999〈宗族结构关系的再思考〉，载《中国家庭及其伦理》，台湾：《汉学研究》杂志出版。
1998〈理解中国乡村内卷化的机制〉，香港：《二十一世纪》1998年2月号（总第45期），P150－159。
1998〈田野影像的民族志－－宗族「复兴」中的历史重构〉，香港：《香港人类学》总第11期。
1998〈天后北传与历史再造－－北方天后庙的田野考察〉，博士後研究论文，载《天后庙与妈祖崇拜》（论文集，正在编辑出版）。
1996〈女性与宗族〉，香港：《二十一世纪》1996年10月号（总第37期），页150-59。
1995〈儒家何在？－－华南人类学田野考察〉，香港：《二十一世纪》1995年6月号（总第29期），P149-157。
1994〈民间信仰复兴与地方文化重构〉，香港：《香港人类学》,第七期，页13-19。
1992DragonBoatFestival(VideoTape《端午节》录象片).Co-directedwithZhuangKongshao,Seattle:UniversityofWashingtonPress（西雅图：美国华盛顿大学出版社出版）。
1992〈社会场的吸引进化〉，北京：《中国人民大学学报》，第二期，页106-111。
1991〈蒿洋民间宗教与信仰一瞥〉，济南：《民俗研究》，第3期，页60-63。
1991〈东西方文化的兴衰与自组织社会学研究〉，成都：《社会科学研究》，第6期，页68－70。
1991〈中国现实文化选择中的知识分子〉，《青年思想家》，第一期，页77-81。
1989〈北方一个汉族村落的社会文化变迁〉，（与庄孔韶）《汉民族研究》（第一辑），广西人民出版社。
1989〈本土方法学刍议〉，北京：《社会学与社会调查》，第五期。
1988〈人格现代化〉，北京：《中国人民大学学报》，第五期，页102-108。1987〈社会系统认识论的几个问题〉，郑州：《大学文科园地》（郑州大学文科学报），第二期。
1987〈城乡社区的三种融合模式〉，上海：《社会科学》1987年第十一期。1986〈社会学中的系统哲学〉，上海：《社会科学》1986年第十二期。
近年主要学术发表（2000年以来）
1、主要论文
（1）English:
2012 Lineage and Family, Chinese Society – Change and Transformation, edited by Li Peilin, London and New York: Routledge.
2007 Collective Memory of the “Pagodatree”: Cultural Informator in Social Transformation. With Xu Jing，Cognitive Science International workshop. Washington University and Tsinghua University.
2006 Water，Deity and Power: A case study of water temples in Shanxi province。SEAA Conference，July 2006.
2005 Gongde Temples and Fujian Local Religion since Song Dynasty. IAHR Conference, March,2005.
2004 Land Reform in Yang Village: Reproduction of Symbolic Capital and the Determination of Class Status. Modern China 30(1):1-48, Jan.2004. (SSCI)
2004 Symbolic Land Rights in Its Cultural Economic Context： A Case Study of Yang Village, Fujian. Social Sciences in China，winter, 2004, pp41-54.
2002 Ancestral Hall and Buddhist Gongde Temple. Chinese Sociology and Anthropology. Vol.34, No.3, pp28-48. (SSCI)
（2）中文（部分）：
2012 人类学研究的文化范式——“波粒二象性”视野中的文化与社会，《中国农业大学学报》2012年第2期。（CSSCI）《社会学》2012.9（中国人民大学复印报刊资料全文转发） （CSSCI）
2012 为何他乡成故乡？——大槐树传说之集体记忆的民族主义建构。载《中国人类学》，2012年第1期。
2012 文治复兴与礼法变革——祠堂之制和祖先之礼的个案研究。《清华大学学报》，2012年第2期。（CSSCI）《社会学》2012.7（中国人民大学复印报刊资料全文转发）（CSSCI），上海《高校文科学术文摘》2012.3全文转发。《社会学报》2012.2全文转发。
2012 历史人类学与中国研究，《人类学讲堂》（第一辑），潘蛟主编，知识产权出版社。
2012 宗族与中国社会，《人类学讲堂》（第二辑）潘蛟主编，知识产权出版社。
2012 让文化拥有自由——法国布列塔尼文化遗产保护考察随笔〈社会学家茶座〉2012年6期。
2010 “被族群”：丽江古城的文化保护困境。载《中国社会科学报》2010.9.2.
2009 中国12村贫困调查——晓锐村，张小军、马亚萍、朱宇晶。载《中国12村贫困调查》（甘肃、内蒙卷），张小军、马春华主编。社科文献出版社。
2009 中国12村贫困调查——乾分村，张小军、马亚萍、朱宇晶。载《中国12村贫困调查》（甘肃、内蒙卷），张小军、马春华主编。社科文献出版社。
2009 人类发展理念下的贫困问题反思，载《中国12村贫困调查》（理论卷），王晓毅主编，社科文献出版社。
2009 咸与权：历史上自贡盐业的市场分析，《清华大学学报》2009第二期。（人大报刊复印资料2009年第6期转载）
2009 实践史:一个历史人类学的研究视角——以民间信仰研究为例，载《谁的信仰，谁的空间？》，复旦大学文史研究院编，上海古籍出版社。
2009 **《色·戒》鉴赏的文化实践，载《异文化与多元媒体》，乔健主编，台北：世新大学出版中心。
2008 宗族与家族，载《社会学与中国社会》，社科文献出版社。
2008 文化生态与文化环保，载《绿叶——传统文化与现代化专辑》，中国环境文化促进会编。《中国社会科学文摘》2008年12期转摘。
2007 复合产权：一个实质论和资本体系的视角——山西介休洪山泉的历史水权个案研究，《社会学研究》，2007年第4期。
2007 爱的实践：艾滋病防治中的社会性别主流化。与许晶合作，载张小军主编《文化的挑战——文化全球化和社会发展的本土思考》，香港：中国世纪出版集团有限公司。
2007 秩序剥夺与城市底边阶级的形成，乔健主编《底边阶级与边缘社会》，台北：立绪文化事业有限公司。
2007 历史人类学：一个跨学科和去学科的视野。《清华历史讲堂初编》，三联书店2007年。
2007 遗存还是遗产？——简论文化全球化中的“文化遗产”困境，《中国非物质文化遗产保护研究》（上），北京师范大学出版社。
2006 产权改制与城市底边阶级的形成——兼论科斯逆定理与产权定理。台湾第七届（2003-2006）大学讲座计划“底边阶级的传统与现代”会议论文（2006.5.台北）。
2006 跨学科与去学科：人类学的三个视角，《光明日报》（理论版）2006年3月28日第12版。
2006 认知人类学浅谈，《光明日报》（理论版）2006年11月。
2006 社会围绕“现代化”和经济中轴安排的弊端，《中国与世界观察》，2006年第1期。
2006 人类发展和遗产保护事业中的乡村旅游。世界旅游组织：《“乡村旅游国际论坛”论文集》。
2006 《陕山地区水资源与民间社会调查资料集》补遗七则，张小军、卜永坚、丁荷声，《华南研究资料中心通讯》第42期。
2005 《城市贫困的制度思维〉，张小军、裴晓梅，《江苏社会科学》，2005年第6期。
2004 《象征地权与文化经济——福建阳村的历史地权个案研究》，《中国社会科学》，2004年第3期。
2003 《历史的人类学化和人类学的历史化》，《历史人类学学刊》1(1):1-28。
2003 《阳村土改中的象征资本再生产》，《中国乡村研究》，总第二辑，商务印书馆。
2003 《导言》，李孝聪、邓小南、筱君（张小军），载黄竹三、冯俊杰编著，《洪洞介休水利碑刻辑录》,中华书局。
2003 《民族志方法论的互补性》，《文化人类学理论新视野》（论文集），香港：国际炎黄文化出版社。
2002 《宗族化中的功德寺院》，《台湾宗教研究》第二卷，第一期。
2002 《阳村的境社与宗族》，《民俗曲艺》（宗教与地方社会专辑II），总第138期。
2002 《双重部门与影子国家——平昌源神庙水碑文的田野考察》，《扩展中的公共空间——中国第三部门研究年鉴2001年》，天津人民出版社。
2002 《宗族与地方老人政治》，《当代中国农村与乡村治理》，肖唐镖等主编，西北大学出版社。
2000 《传统文化生产中的象征性实践》，《清华社会学评论》2001年，第一期。
2001 《象征资本的再生产——从阳村宗族论民国基层社会》，《社会学研究》，2001年第三期。
2000 《佛寺与宗祠：泉州开元寺的历史个案研究》，载《传统与变迁——华南的认同和文化》，北京：文津出版社。
2000 《银翅：中国本土的现象学？》，《清华社会学评论》，2000年创刊号。
2、著作：
2004 《蓝田》。北京：三联书店（国际书号：ISBN7-108-01969-8/K·416）
2003 《福建杉洋村落碑铭》。张小军、余理民，香港：华南研究出版社（国际书号：ISBN 962- 5273-6-3）
3、主编：
2009 《中国12村贫困调查》（甘肃、内蒙卷），张小军、马春华主编。社科文献出版社。
2009 《中国12村贫困调查》（江西、云南卷），张小军、谭深主编。社科文献出版社。
2007 《文化的挑战——文化全球化和社会发展的本土思考》，张小军主编，香港：中国世纪出版集团有限公司。
2007 《能力与贫困——中国城市贫困的个案研究》，张小军、裴晓梅主编，香港社会科学出版有限公司。
2002 《历史与社会》（第七册）。张小军主编。教育部九年义务教育试验教材。人民教育出版社。ISBN 7-107-16201-2/G·9291
2001 《清华社会学评论》，2001年第一期。执行主编。北京友谊图书出版公司。
2001 《传统与变迁——华南的认同和文化》，陈志明、张小军编，北京文津出版社。
4、学术随笔和翻译
2010 中山先生论房地产，《社会学家茶座》2010年第5期。
2009 大湖人家，《社会学家茶座〉2009年第1期。
2008 统一与多样化，载《这个世界，我们的——中欧思想者越洋对话》，中国传媒大学出版社。
2008 印加文明和生态悲剧，《社会学家茶座》，2008年第6期。
2008 南美第一古迹——马丘比丘，《社会学家茶座》，2008年第5期。
2008 利马印象，《社会学家茶座》，2008年第4期。
2007 二分陷阱与中国本土思想，《社会学家茶座》，2007年第1期。
2006 谁在侵蚀中国文化的灵魂？《环球时报》第1180期，2006年6月13日第13版。
2004 《反抗还是共谋——阿米巴效应和人类变形虫》，《社会学家茶座》，2004年第三期。
2003 《未画句号的〈人类责任宪章〉》，《回顾与前瞻：建立一个协力尽责和多元的世界的对话》，欧洲梅耶人类进步基金会。
2000 《从王安石变法看官民关系》，《社会学家茶座》2002年第一期。
2001 《民族志的回顾与思考》，文思理著，张小军译，《清华社会学评论》，2001年第一期。
2000 《划：话，化——江西人类学田野考察随笔》，《二十一世纪》，2000年6月号。
近年主要研究项目课题（2000年以来）:
2010-2012 清华大学自主科研项目：美沙酮疗法戒毒的社会学和生理学综合评估指标研究，负责人；
2009-2010 国家科技重大专项课题（科技部2008ZX1000103）:《我国艾滋病流行规律、疫情评估和预测方法研究》子项目：中国艾滋病传播模式、干预力度和感染率定量关联模型的研究，项目负责人；
2009 世界宣明会：云南永胜扶贫综合项目专项评估，项目负责人；
2008 世界宣明会：陕西商洛扶贫综合项目中期评估，项目负责人；
2007-2008 世界银行贷款项目：贵州文化遗产保护与发展项目——社会影响评估项目，技术负责人；
2007 世界宣明会：甘肃临夏扶贫综合项目中期评估项目，项目负责人；
2007 清华大学艾滋病防治政策研究中心项目：中国艾滋病社会影响态势指数体系研究，项目负责人；
2006 卫生部：第四轮全球基金艾滋病项目：社会性别主流化研究报告——贵州省，项目负责人；
2005-2007 清华大学亚洲研究中心项目：“在人类发展理论下反思全球化对中国社会的影响”，课题负责人；
2005-2006 世界银行和中国社科院合作研究项目：“走出贫困：中国贫困的定性研究”，甘肃子项目负责人；
2005 DFID：中英艾滋病项目：四川凉山州政策支持项目，项目负责人；
2003-2005 国家社科基金办公室：国家社科基金项目：北京、重庆、沈阳及兰州四城市贫困人口生活形态研究，课题负责人；
2004-2006 教育部：全国教育科学“十五”规划重点课题：贫困地区义务教育和儿童失学问题的系统性研究，课题负责人；
2004 英国国际发展部（DFID）与北京社科院社会发展资源中心项目：“社会发展的理论”，研究项目负责人；
2002-2003 英国国际发展部（DFID）项目：甘肃临夏义务教育项目评估，项目负责人；
2001-2004 北京市哲学社会科学“十五”规划项目：北京市城市贫困人口的性别、家庭和下岗因素研究，课题负责人；
2002 英国国际发展部（DFID）项目：甘肃贫困地区失学问题研究，项目负责人；
2000-2002 法国远东学院：中、法合作研究项目：水利与民间组织，山西介休子课题负责人。