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申请房屋所有权注销登记时应提交的文件主要是房屋所有权证书或房地产权证书，以及证明房屋所有权消灭的材料。证明房屋所有权消灭的材料可分为两种：
一是房屋灭失的，房屋灭失证明是指能够证明房屋物理形态消灭的文件资料，能够对房屋被拆除或是倒塌时间和原因加以说明，比如，究竟是因地震而倒塌，因洪水而冲毁，因火灾而烧毁等自然灾害而灭失的，还是因拆除等人为因素而灭失详加描述。根据《办法》第十九条的规定，登记机构办理因房屋灭失导致的房屋所有权注销登记，应当实地查看房屋。
二是放弃所有权的，应提交所有权人表示放弃所有权的书面声明。按照房地一致原则，房屋所有权放弃房屋所有权的，应当一并放弃土地使用权，不能不放弃土地使用权只放弃房屋所有权，否则放弃所有权后的房屋系无主财产，他人依法取得所有权后可能造成房屋所有权和土地使用权主体不一致的情形。同样，也不能单独放弃房屋土地使用权而不放弃房屋所有权。放弃所有权是一种单方法律行为，无需向特定当事人做出意思表示并征得他人同意，因放弃所有权而申请注销登记的，需要提交放弃所有权的书面声明。