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小产权补办房产证流程：
1、开具遗失登记申请表，如果丢失的是商品房房产证房产证，可以找物业公司出具遗失证明；如果丢失的是房改房房产证，则需要到房改单位开具遗失登记申请表。遗失申请表的内容包括详细地址、房屋面积、房产证号以及房屋产权人的相关信息等；
2、到房产档案馆查档，房屋产权人本人须持本人身份证到房管部门查询房屋档案（需交查档费），房管部门的相关工作人员会根据房屋的信息开具公告；
3、登报作废原房产证，接下来须持遗失证明和房管部门开具的公告到当地日报刊登遗失证明；
4、补办新证，登记一段时间后（各地有不同要求），房屋产权人需要持报纸原件、身份证原件和测绘图，到房管局办理遗失登记。
补办小产权房产证要准备的资料：
1、申请人身份证明，比如身份证，户口薄等；
2、房屋所有权证书的原件或总证复印件；
3、有效的房屋买卖合同的原件；
4、经确认后的房屋测绘报告的原件；
5、其他必要材料的原件。
法律依据：《城市房屋权属登记管理办法》第三十五条
房屋权属证书破损，经登记机关查验需换领的，予以换证。房屋权属证书遗失的，权利人应当及时登报声明作废，并向登记机关申请补发，由登记机关作出补发公告，经6个月无异议的，予以补发。